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Transition et transversion dans le génome humain

Aujourd'hui, J'ai eu une soudaine envie de calculer les fréquences des différents types de substitutions dans le génome de James Watson.
A partir d'un fichier contenant des variations par rapport au génome de référence, je me suis amusé à compter le nombre et le type de substitutions ...

Le dépistage prénatal non-invasif de la trisomie 21

La trisomie 21 est un syndrome polymalformatif avec un retard mental, lié dans la majorité des cas à la présence d'un chromosome 21 surnuméraire. On a tous en mémoire l'image de l'acteur Pascal Duquenne atteint de ce syndrome et lauréat du prix d'interprétation au festival de ...

Le génome en chiffre - part 1

Ça faisait longtemps que j'avais envie de faire une description numérique du génome. Vous savez ces chiffres repères qui nous permettent de faire des comparaisons et de répondre à des questions du genre : "Est-ce que cette montagne est grande ?" Si vous n'avez pas de référence, comme la taille ...

Le paludisme

« Quel est l’animal le plus meurtrier au monde ? » On entend souvent cette question, et une fois passés les requins blancs, serpents et autres méduse-boîtes vient toujours un petit malin pour répondre « Le moustique ! ». Bon ok il n’a pas tort le petit malin. Mais pour être plus précis le ...

La reconnaissance du soi

Si vous lisez mon blog, vous avez sûrement constaté ma tendance à tracer des parallèles entre l'informatique et la génétique, notamment entre séquence d'ADN et séquence binaire. Dans cet article, nous allons à nouveau faire un parallèle qui peut paraître tout aussi surprenant : La reconnaissance du soi.
Du ...

Les empreintes génétiques

Envie d'identifier le criminel qui vous a volé au boulot votre bic 4 couleurs en votre absence ? Dans ce cas, cet article est fait pour vous ! Dans ce billet nous allons voir comment, à l'aide des séquences répétées dans le génome humain, il est possible d'identifier une ...

Un message immortel ...

Imaginez que vous vouliez transmettre un message à votre arrière arrière arrière petit-fils, à l'instar du Professeur Brown dans Retour vers le futur 2. Quelles solutions envisagez-vous ? Une enveloppe en papier? Aucune chance, risque de perte ou de dégradation, ça ne marche que dans les films. Un Fichier numérique ...

Le filtre de bloom

Un filtre de bloom est un algorithme permettant de savoir si un élément est présent ou non dans une liste. C'est un algorithme très efficace d'un point de vue mémoire lorsque vous travaillez avec de grande liste. En python, l'utilisation d'un filtre de Bloom peut s ...

La transformation de Burrows-Wheeler

Au temps ou le téléphone portable était un objet de luxe et de démesure, la seule façon d'envoyer un message pendant un cours de philosophie, était d'utiliser un petit bout de papier que l'on faisait passer d'élève à élève. Il fallait écrire en petit pour maximiser ...

Renommer ses fichiers avec MMV

Cela vous est forcément déjà arrivé de devoir renommer une longue liste de fichiers. Pour les plus fainéant d'entre vous, vous allez cliquer sur un fichier, un par un , puis faire "F2" pour renommer. Bon, ça passe, avec 10 fichiers, mais pour certaine personne, renommer plus de 3 fichiers ...