bioinformatique génétique médecine
L'analyse en composante principale ou PCA (Principal component analysis) est une méthode de réduction de dimension, largement utilisée en statistique descriptive, pour visualiser sur un graphique à 2 ou 3 dimensions des données décrites sur plus de dimensions. Dans ce billet, nous chercherons d'abord à comprendre le principe général avec …
Cela fait un moment que j'avais envie de publier sur l'inférence bayésienne. Mon intérêt pour ce sujet a été éveillé par la lecture du livre La formule du savoir par Nguyên Hoang Lê. En deux mots, l'inférence bayésienne est une méthode qui permet de donner une crédibilité à nos …
Les chaînes de Markov sont très populaires en bioinformatique, en particulier lorsque l'on travaille avec des séquences biologiques.
J'aime bien me les représenter comme des machines générant des symboles aléatoires (ou processus stochastique) dont la probabilité d'apparition de chacun dépend du précédent.
Dans ce billet, nous allons les définir et …
L'entropie, et plus généralement la théorie de l'information, est un concept essentiel en informatique. Publié par Claude Shannon en 1948 dans "A mathematical theory of communication", cette théorie a permis l'essor des communications modernes en passant par la téléphonie jusqu'aux transmissions des données massives par internet. On trouve également cette …
J'ai longtemps galéré avec les probabilités...
C'est assez tard que j'ai compris qu'il s'agissait juste d'un problème de dénombrement. Par exemple, si vous cherchez à savoir la probabilité pour que la somme de deux dés lancés soit égale 8, il suffit de dessiner un tableau 6x6 contenant toutes les combinaisons …
Je continue ma lancée avec ce billet traitant d'un sujet important aussi bien en statistique qu'en intelligence artificielle: Le maximum de vraisemblance. Je rappelle que je ne suis ni statisticien ni mathématicien et que j'essaie d'expliquer ces concepts avec un simple regard naïf de programmeur. (C'est à dire sans formule …
Si vous avez touché un tant soit peu les statistiques, vous connaissez certainement le test de χ². Et comme moi, vous avez certainement du jongler avec des formules ou des notions comme le "degré de liberté" sans vraiment comprendre d'où ça venait. Ce soir, par un élan de motivation sans précédent …
