bioinformatique génétique médecine
Si vous vous êtes déjà pencher sur l'intelligence artificielle, vous avez certainement du entendre parler de la méthode de descente en gradient. Il s'agit d'un algorithme permettant de trouver rapidement le minimum d'une fonction mathématique. Pour faire simple, trouver x tel que f(x) soit le plus petit possible …
Cela fait plusieurs jours que je m'éclate sur un jeu android appelé « The rusty lake hostel ». Il s'agit d'une sorte d'escape game en point & click ou vous devez résoudre des énigmes. Parmi celles-ci, il y en a une qui m'a donné du fil à retordre et qui m'a contraint à …
Nous allons voir dans ce billet l'algorithme d'espérance-maximisation ou algorithme EM (Expectation-maximisation) qui va nous permettre d'identifier les paramètres de deux lois normales depuis une seule distribution mixte ou mélange gaussien ou GMM (Gaussian Mixture model). Comme d'habitude, je vais faire au plus simple. Ce billet fait directement suite …
Imaginez une pile de journaux identiques que vous faites sauter avec des pétards pour en faire une pluie de fragments de texte aléatoire. Comment feriez-vous, à partir de ces milliers de morceaux de papier, pour reconstruire un exemplaire complet du journal ? La même question se pose lorsque l'on désire reconstruire …
J'ai longtemps galéré avec les probabilités...
C'est assez tard que j'ai compris qu'il s'agissait juste d'un problème de dénombrement. Par exemple, si vous cherchez à savoir la probabilité pour que la somme de deux dés lancés soit égale 8, il suffit de dessiner un tableau 6x6 contenant toutes les combinaisons …
Je continue ma lancée avec ce billet traitant d'un sujet important aussi bien en statistique qu'en intelligence artificielle: Le maximum de vraisemblance. Je rappelle que je ne suis ni statisticien ni mathématicien et que j'essaie d'expliquer ces concepts avec un simple regard naïf de programmeur. (C'est à dire sans formule …
Si vous avez touché un tant soit peu les statistiques, vous connaissez certainement le test de χ². Et comme moi, vous avez certainement du jongler avec des formules ou des notions comme le "degré de liberté" sans vraiment comprendre d'où ça venait. Ce soir, par un élan de motivation sans …
Pour mon projet cutevariant, j'ai été amené à devoir convertir l'ontologie HPO (disponible au format obo) en base de données SQLite. Pour ceux qui ne connaissent pas, HPO (Human Phenotype Ontology) est une ontologie décrivant des signes cliniques. C'est-à-dire un vocabulaire standardisé et hiérarchisé afin d'aider les ordinateurs à comprendre …
Lors de la mitose, l'ADN des cellules eucaryotes s'organise en chromosomes condensés et bien délimités. C'est l'image que nous avons tous d'un chromosome. Mais le reste du temps, pendant l'interphase, ces chromosomes ressemblent davantage à une boule de spaghetti emmêlée dans tous les sens : ce que l'on appelle la …
Vous connaissez le jeu du chaos? Il s'agit d'une construction géométrique très simple permettant de faire apparaitre des fractales. La construction la plus connue est le triangle de Sierpinski que vous pouvez dessiner vous-même avec un papier et un crayon:
