bioinformatique génétique médecine
Pour mon projet cutevariant, j'ai été amené à devoir convertir l'ontologie HPO (disponible au format obo) en base de données SQLite. Pour ceux qui ne connaissent pas, HPO (Human Phenotype Ontology) est une ontologie décrivant des signes cliniques. C'est-à-dire un vocabulaire standardisé et hiérarchisé afin d'aider les ordinateurs à comprendre …
J'utilise de plus en plus dans mon code C++, les algorithmes de la librairie standard. Couplés avec les lambdas expression, j'évite d'écrire des tas de boucles for, et mon code est plus lisible. Sans oublier que cette programmation générique est compatible avec les containers Qt. Donc forcément, j'adore.
Voici donc …
Raccourci pour utiliser git sous zsh
Vous l'avez sûrement remarqué, j'écris mon blog avec pelican. Lorsque je suis prêt à publier, je commit mon blog sur github, puis dans un second temps je synchronise mon dossier html généré sur mon serveur web. Et comme je suis fainéant, je veux que ces deux étapes se fassent en …
Nous avions vu dans un précédent post que le génome de James Watson comptait un peu plus de 2 millions de variants par rapport au génome de référence; et qu'environ la moitié de ces variants étaient partagés avec Craig Venter.
Aujourd'hui, j'ai cherché à savoir si les densités des mutations …
Aujourd'hui, J'ai eu une soudaine envie de calculer les fréquences des différents types de substitutions dans le génome de James Watson.
A partir d'un fichier contenant des variations par rapport au génome de référence, je me suis amusé à compter le nombre et le type de substitutions nucléotidiques. Et le …
Un filtre de bloom est une structure de donnée permettant de savoir si un élément est présent ou non dans une liste. Cette structure est très efficace d'un point de vue mémoire lorsque vous travaillez sur de grande liste. En python, l'utilisation d'un filtre de Bloom peut s'écrire :
L = ["mario …Au temps ou le téléphone portable était un objet de luxe et de démesure, la seule façon d'envoyer un message pendant un cours de philosophie, était d'utiliser un petit bout de papier que l'on faisait passer d'élève à élève. Il fallait écrire en petit pour maximiser la quantité d'information transmis …
Cela vous est forcément déjà arrivé de devoir renommer une longue liste de fichiers. Pour les plus fainéant d'entre vous, vous allez cliquer sur un fichier, un par un , puis faire "F2" pour renommer. Bon, ça passe, avec 10 fichiers, mais pour certaine personne, renommer plus de 3 fichiers de …
Les expressions régulières, c'est super simple... Il suffit que quelqu'un les écrivent pour vous !
En effet, j'ai longtemps galéré avec les expressions régulières.. En fait, dès que j'avais affaire à elles, je demandais à quelqu'un de me l'écrire. C’était beaucoup plus rapide que de réfléchir par moi même! ( technique …