bioinformatique génétique médecine
Cela fait un moment que j'avais envie de publier sur l'inférence bayésienne. Mon intérêt pour ce sujet a été éveillé par la lecture du livre La formule du savoir par Nguyên Hoang Lê. En deux mots, l'inférence bayésienne est une méthode qui permet de donner une crédibilité à nos …
Les chaînes de Markov sont très populaires en bioinformatique, en particulier lorsque l'on travaille avec des séquences biologiques.
J'aime bien me les représenter comme des machines générant des symboles aléatoires (ou processus stochastique) dont la probabilité d'apparition de chacun dépend du précédent.
Dans ce billet, nous allons les définir et …
L'entropie, et plus généralement la théorie de l'information, est un concept essentiel en informatique. Publié par Claude Shannon en 1948 dans "A mathematical theory of communication", cette théorie a permis l'essor des communications modernes en passant par la téléphonie jusqu'aux transmissions des données massives par internet. On trouve également cette …
La méthode de Newton-Raphson est une méthode algorithmique pour trouver la racine d'une fonction. C'est-à-dire trouver x tel que f(x) = 0. Cette méthode est d'une simplicité déconcertante que je vais détailler dans ce billet de façon géométrique puis algorithmique.
Si vous vous êtes déjà pencher sur l'intelligence artificielle, vous avez certainement du entendre parler de la méthode de descente en gradient. Il s'agit d'un algorithme permettant de trouver rapidement le minimum d'une fonction mathématique. Pour faire simple, trouver x tel que f(x) soit le plus petit possible …
Cela fait plusieurs jours que je m'éclate sur un jeu android appelé « The rusty lake hostel ». Il s'agit d'une sorte d'escape game en point & click ou vous devez résoudre des énigmes. Parmi celles-ci, il y en a une qui m'a donné du fil à retordre et qui m'a contraint à …
Nous allons voir dans ce billet l'algorithme d'espérance-maximisation ou algorithme EM (Expectation-maximisation) qui va nous permettre d'identifier les paramètres de deux lois normales depuis une seule distribution mixte ou mélange gaussien ou GMM (Gaussian Mixture model). Comme d'habitude, je vais faire au plus simple. Ce billet fait directement suite …
Je continue ma lancée avec ce billet traitant d'un sujet important aussi bien en statistique qu'en intelligence artificielle: Le maximum de vraisemblance. Je rappelle que je ne suis ni statisticien ni mathématicien et que j'essaie d'expliquer ces concepts avec un simple regard naïf de programmeur. (C'est à dire sans formule …
Si vous avez touché un tant soit peu les statistiques, vous connaissez certainement le test de χ². Et comme moi, vous avez certainement du jongler avec des formules ou des notions comme le "degré de liberté" sans vraiment comprendre d'où ça venait. Ce soir, par un élan de motivation sans …
Pour mon projet cutevariant, j'ai été amené à devoir convertir l'ontologie HPO (disponible au format obo) en base de données SQLite. Pour ceux qui ne connaissent pas, HPO (Human Phenotype Ontology) est une ontologie décrivant des signes cliniques. C'est-à-dire un vocabulaire standardisé et hiérarchisé afin d'aider les ordinateurs à comprendre …